Software Disponibile¶

Il SSC mantiene una suite di programmi software, librerie e toolchain, chiamata "Ambienti Software Standard", per l'uso sui nostri cluster.

I cluster HPC possono eseguire la maggior parte del software che funziona su Linux. In molti casi, il software di cui hai bisogno sarà già installato e disponibile sui nodi di calcolo. Accedi al software utilizzando ciò che viene chiamato "modulo". Se il software di cui hai bisogno non è disponibile, puoi chiedere al nostro staff di installarlo per te oppure farlo da solo.

Utilizzare i Moduli¶

I moduli sono semplicemente file di configurazione che modificano dinamicamente il tuo ambiente permettendoti di eseguire un'applicazione o di accedere a una particolare libreria. Il sistema di moduli consente al SSC di fornire più versioni del software contemporaneamente e permette agli utenti di passare facilmente tra versioni diverse senza conflitti. Gli utenti possono anche creare e mantenere i propri moduli per un controllo più preciso sull'ambiente del proprio gruppo.

I moduli sono gestiti utilizzando uno strumento chiamato Environment Module e vengono installati utilizzando Spack

Per vedere quali moduli software sono disponibili, accedi al nodo di login tramite OnDemand ed esegui:

$ module avail

Questo comando restituirà un elenco di moduli disponibili da caricare nel tuo ambiente.

Per caricare i moduli scelti nell'ambiente, esegui:

$ module load nome_modulo

# Ad esempio:
$ module load python

Puoi specificare la versione del software aggiungendo uno / con il numero di versione:

$ module load nome_modulo/versione 

# Ad esempio: 
$ module load python/3.9.5

Moduli Gerarchici¶

Il SSC utilizza una convenzione di denominazione gerarchica per i moduli, per supportare programmi costruiti con requisiti specifici per compilatori, librerie e architettura della CPU. Ad esempio, quando esegui module avail su un nodo di calcolo AMD Zen2, vedrai due livelli gerarchici di moduli che appariranno così:

-------------------------- 1 /cm/local/modulefiles -----------------------------
-------------------------- 2 /cm/shared/modulefiles ----------------------------

1. Moduli Core¶

I moduli Core sono indipendenti dal compilatore e dall'architettura.

2. Moduli MPI¶

Questi moduli dipendono da una specifica architettura della CPU, da una toolchain del compilatore e da una libreria MPI.

Caricare i Moduli in uno Script di Job¶

I moduli in uno script di job possono essere caricati dopo le direttive #SBATCH e prima di chiamare il tuo eseguibile effettivo. Un esempio di script di job che carica Python nell'ambiente è mostrato qui sotto:

#!/bin/bash -l
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=00:01:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --job-name=test-job

# Opzionalmente carica un ambiente software specifico
module load ccrsoft/xxxx.yy

# Carica i tuoi moduli qui
module load some_module

python3 test-program.py

Elenco moduli disponibili¶

Elenco moduli aggiornato al 20/05/2025

Moduli personali¶

Se si rende necessario l'utilizzo di un applicativo o di una libreria non presente come modulo di sistema, l'utente può installare quanto necessario nella propria home o nella directory di progetto utilizzando anaconda o miniconda

Anaconda Python¶

Modulo da caricare:

module load miniconda3

conda create -n nome_ambiente  
conda activate nome_ambiente  
conda install software_necessario

Per evitare conflitti, ricordarsi sempre di disattivare l'ambiente una volta che i moduli non sono più necessari, con il comando:

conda deactivate